fix warping bug

PyNutil/processing/counting_and_load.py

@@ -205,11 +205,17 @@ def warp_image(image, triangulation, rescaleXY):
     newY = newY.reshape(reg_h, reg_w)
     newX = newX.astype(int)
     newY = newY.astype(int)
-    newX[newX >= reg_w] = reg_w - 1
-    newY[newY >= reg_h] = reg_h - 1
-    newX[newX < 0] = 0
-    newY[newY < 0] = 0
-    new_image = image[newY, newX]
+    tempX = newX.copy()
+    tempY = newY.copy()
+    tempX[tempX >= reg_w] = reg_w - 1
+    tempY[tempY >= reg_h] = reg_h - 1
+    tempX[tempX < 0] = 0
+    tempY[tempY < 0] = 0
+    new_image = image[tempY, tempX]
+    new_image[newX >= reg_w] = 0
+    new_image[newY >= reg_h] = 0
+    new_image[newX  < 0] = 0
+    new_image[newY  < 0] = 0
     return new_image
 
 
@@ -225,13 +231,10 @@ def flat_to_dataframe(
         image = generate_target_slice(image_vector, volume)
         image = np.float64(image)
         random_number = np.random.randint(0,1000)
-        outim = ((image==0) * 255).astype(np.uint8)
         cv2.imwrite(f"{random_number}_linear.jpg",  outim)
         if triangulation is not None:
             image = warp_image(image, triangulation, rescaleXY)
             outim = ((image==0) * 255).astype(np.uint8)
-
-            cv2.imwrite(f"{random_number}_warped.jpg", outim)
     elif file.endswith(".flat"):
         image = read_flat_file(file)
     elif file.endswith(".seg"):

PyNutil/processing/data_analysis.py

 import pandas as pd
 from .counting_and_load import pixel_count_per_region, label_points
- 
 
 def quantify_labeled_points(
     pixel_points,
@@ -23,9 +22,9 @@ def quantify_labeled_points(
         atlas_labels,
     )
     label_df = _combine_slice_reports(per_section_df, atlas_labels)
-    
+
     return labeled_points, labeled_points_centroids, label_df, per_section_df
-    
+
 
 def _quantify_per_section(labeled_points, labeled_points_centroids, points_len, centroids_len, region_areas_list, atlas_labels):
     prev_pl = 0

tests/expected_outputs/output_nutil_v1_0_5/Nutil_v1_0_5_test.nut

+type = Quantifier
+name = Test
+analysis_type = QUINT
+quantifier_input_dir = Z:/HBP_Analytics/PyNutil/PyNutil_testing/Example1_nonlinear_allen_mouse/segmentations
+quantifier_atlas_dir = Z:/HBP_Analytics/PyNutil/PyNutil_testing/Example1_nonlinear_allen_mouse/atlasmaps
+label_file = Allen Mouse Brain 2017
+custom_label_file = 
+xml_anchor_file = Z:/HBP_Analytics/PyNutil/PyNutil_testing/Example1_nonlinear_allen_mouse/alignment.json
+quantifier_output_dir = Z:/HBP_Analytics/PyNutil/PyNutil_testing/Example1_nonlinear_allen_mouse/output_nutil_v1_0_5
+output_report = All
+extraction_color = 0,0,0,255
+object_splitting = Yes
+object_min_size = 1
+global_pixel_scale = 1
+quantifier_pixel_scale_unit = pixels
+use_custom_masks = No
+custom_mask_directory = 
+custom_mask_color = 255,255,255,255
+output_report_type = CSV
+custom_region_type = Default
+custom_region_file = 
+coordinate_extraction = All
+coordinate_single_point = No
+pixel_density = 1
+display_label_id = No
+output_region_id = Yes
+pattern_match = _sXXX
+files = 
+nutil_version = v1.0.5
+nutil_version = v1.0.5
+nutil_version = v1.0.5

tests/expected_outputs/output_nutil_v1_0_5/Reports/Test_CustomRegions/Test_CustomRegions_All.csv

+Region name;Region pixels;Region area;Area unit;Object count;Object pixels;Object area;Area unit;Load;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cortex;1479642;1479641.710464;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Fibretracts;356439;356438.781979;pixels;N/A;100;100;pixels;0.000281;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hippo;443659;443659.379537;pixels;N/A;600;600;pixels;0.001352;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Olfactory;230189;230188.756416;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hypothalamus;203317;203317.041248;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Striatum_Pallidum;849700;849700.402871;pixels;N/A;1500;1500;pixels;0.001765;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Mid_Hind_Medulla;102957;102957.115687;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Thalamus;304659;304658.581975;pixels;N/A;800;800;pixels;0.002626;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cerebellum;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+VentricularSystem;49725;49724.943250;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

tests/expected_outputs/output_nutil_v1_0_5/Reports/Test_CustomRegions/Test_CustomRegions__s001.csv

+Region name;Region pixels;Region area;Area unit;Object count;Object pixels;Object area;Area unit;Load;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cortex;308023;308022.687500;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Fibretracts;41565;41565.269531;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hippo;3180;3180.024170;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Olfactory;38293;38293.214844;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hypothalamus;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Striatum_Pallidum;261151;261150.531250;pixels;N/A;600;600;pixels;0.002298;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Mid_Hind_Medulla;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Thalamus;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cerebellum;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+VentricularSystem;4571;4570.645508;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

tests/expected_outputs/output_nutil_v1_0_5/Reports/Test_CustomRegions/Test_CustomRegions__s002.csv

+Region name;Region pixels;Region area;Area unit;Object count;Object pixels;Object area;Area unit;Load;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cortex;317583;317583.156250;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Fibretracts;57240;57240.429688;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hippo;767;766.886841;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Olfactory;43610;43610.296875;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hypothalamus;42710;42710.484375;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Striatum_Pallidum;360723;360723.156250;pixels;N/A;600;600;pixels;0.001663;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Mid_Hind_Medulla;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Thalamus;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cerebellum;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+VentricularSystem;11012;11012.495117;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

tests/expected_outputs/output_nutil_v1_0_5/Reports/Test_CustomRegions/Test_CustomRegions__s003.csv

+Region name;Region pixels;Region area;Area unit;Object count;Object pixels;Object area;Area unit;Load;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cortex;329097;329096.750000;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Fibretracts;84807;84807.460938;pixels;N/A;100;100;pixels;0.001179;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hippo;31258;31258.310547;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Olfactory;52700;52700.464844;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Hypothalamus;65789;65788.671875;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Striatum_Pallidum;167826;167825.515625;pixels;N/A;300;300;pixels;0.001788;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Mid_Hind_Medulla;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Thalamus;110575;110574.851563;pixels;N/A;200;200;pixels;0.001809;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+Cerebellum;0;0;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
+VentricularSystem;14970;14969.630859;pixels;N/A;0;0;pixels;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;